O projeto tem como objetivo manter os Núcleos de conservação "in situ" de espécies animais de grande porte, para dar continuidade às atividades básicas de coleta, documentação, conservação, caracterização e intercâmbio de germoplasma, sob a coordenação da Embrapa Amazônia Oriental, estando vinculadas ao projeto outras quatro Unidades da Embrapa (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Meio Norte, Pantanal e Roraima), Universidades (UEMA, UNB, UPIS, UFG, UFPA e UFRA), Empresas Estaduais de Pesquisa (EPAGRI), associações de criadores (Associação Brasileira de Criadores de Cavalos da Raça Marajoara - ABCCRM, Associação Brasileira de Criadores da Raça Puruca - ABCRP, Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Pantaneiro, Associação Paraense de Criadores de Búfalos - APCB), além de criadores comprometidos com a conservação dos recursos genéticos. Para maior interação com o setor privado, serão instituídas as Fazendas de Conservação, onde os criadores terão participação direta no processo de conservação, mantendo e difundindo o germoplasma das espécies ameaçadas. O projeto está estruturado em Planos de Ação (PAs), sendo o de Gestão, contendo atividades que viabilizem o gerenciamento do Projeto, interligando os PAs que o compõe. Todos os PAs têm como objetivos manter, documentar, enriquecer e conservar os respectivos núcleos de conservação "in situ", bem como efetuar diagnóstico da situação dos BAGs animais existentes no País. Assim, espera-se integrar as equipes de recursos genéticos animais do Brasil em várias interfaces do trabalho, principalmente, no uso e discussão das metodologias empregadas, bem como aumentar a variabilidade genética do material armazenado no BGA (em conexão com o PC de conservação "ex situ"), caracterizar através de descritores morfológicos, morfométricos e moleculares, assim como, organizar bases de dados das principais raças naturalizadas brasileiras e disponibilizá-las para as instituições parceiras, aos criadores, associações e a comunidade científica.