As pesquisas sobre aproveitamento de resíduos orgânicos englobam as ações relacionadas ao desenvolvimento de tecnologias que utilizam processos biológicos para o aproveitamento de coprodutos e resíduos. O objetivo é reduzir a dependência de insumos agropecuários não renováveis, enfatizando processos de compostagem e vermicompostagem.

As pesquisas buscam alternativas às matérias-primas tradicionalmente utilizadas no processo de compostagem, como o esterco bovino e outros resíduos animais, avaliando-se diferentes materiais de origem vegetal, como palhadas de diversas espécies, bagaço de cana-de-açúcar, torta de mamona, resíduo de algodão, entre outros. Há, ainda, a utilização de gongolos no processo de vermicomostagem, considerando que o animal apresenta grande capacidade para o processamento de diferentes matérias-primas, como grama, papelão, sabugo de milho e fibra de coco.

Um dos destaques dessa linha de pesquisa foi o desenvolvimento de um substrato 100% vegetal para a produção de mudas em sistemas orgânicos, constituído por vermicomposto, fino de carvão vegetal e torta de mamona. Sua principal vantagem é o fato de utilizar somente resíduos vegetais, não oferecendo restrição aos princípios agroecológicos. Outro ativo - disponível para parceria - desenvolvido a partir dos estudos para uso de insumos vegetais é o xaxim agroecológico, que é uma alternativa ao xaxim tradicional, feito totalmente à base de resíduos orgânicos.

Outro destaque é a ferramenta CompostCalc, planilha que auxilia o produtor ou técnico rural a calcular a proporção das matérias-primas utilizadas nas misturas de compostagem. A planilha está disponível em Excel e Libre Office e faz o cálculo considerando as diferentes matérias-primas possíveis, de forma que a mistura do composto tenha a relação Carbono-Nitrogênio (C/N) escolhida.