A produção de mudas de H. speciosa pode fracassar devido ao alto índice (até 100%) de mortalidade causada pelo fungo Cylindrocladium clavatum, que provoca o apodrecimento das raízes mesmo sob rega controlada. Em situações graves, a aplicação de fungicidas benzimidazóis demonstrou promover um bom nível de controle desta doença. Contudo, nenhum destes produtos está registrado no Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA) para a cultura.

O fungo Sclerotium rolfssii também tem sido relatado causando morte de plântulas no viveiro, principalmente devido ao excesso de água de irrigação. Ainda não se obtiveram medidas de controle efetivas para essa doença, porém recomenda-se evitar o excesso de umidade no substrato e realizar o tratamento das sementes com fungicidas.