O dia em que Instituto Agronômico do Norte (IAN) foi criado - 4 de maio de 1939 - representa o início da pesquisa agropecuária na Amazônia. A Embrapa Amazônia Oriental - que herdou a estrutura do IAN, - só viria a ser criada em 23 de janeiro de 1975, então com o nome de Centro de Pesquisa Agropecuária do Trópico Úmido (Cpatu). Nesse ínterim, em 1962, o IAN foi transformado em Instituto de Pesquisas e Experimentação Agropecuárias do Norte (Ipean).

Depois viriam outros nomes. Em 1991, a primeira unidade descentralizada da Embrapa na região amazônica passou a se chamar Centro de Pesquisa Agroflorestal da Amazônia Oriental. Desde 1998, apresenta-se à sociedade com o nome-síntese de Embrapa Amazônia Oriental.