A bovinocultura é uma das atividades mais importantes do agronegócio brasileiro. O Brasil é o maior exportador mundial de carne bovina, possui o maior rebanho comercial do mundo, é o terceiro maior produtor mundial e consumidor de carne bovina e o sétimo produtor mundial de leite, com cerca de 4% do total produzido no mundo. Apesar da grande produção, a produtividade da bovinocultura brasileira ainda é baixa, indicando um grande potencial para melhora e expansão deste setor da economia. Numa economia globalizada, a conquista e preservação de mercados estão condicionadas à manutenção da competitividade das características de qualidade e quantidade dos produtos de origem animal. Somente com a realização de pesquisas avançadas é possível garantir a manutenção e aumento da competitividade da bovinocultura nacional. A identificação de genes responsáveis pela variação fenotípica de características de interesse econômico é um passo importante para o desenvolvimento de métodos auxiliares para a seleção de genótipos superiores e para a manipulação do genoma via transgênese ou RNA de interferência. A genômica tem fornecido base para a identificação de muitos desses genes, particularmente pelo estudo de marcadores moleculares. Porém, com as abordagens de marcadores, geralmente se chega a uma região que contém, potencialmente, vários genes que poderiam afetar o caráter. Mesmo quando se utiliza a estratégia de gene candidato, dificilmente é possível afirmar com segurança que o efeito observado seja relacionado às variações do gene candidato em estudo e não resultante de ligação a outro gene próximo a ele. Uma das possibilidades de se encontrar resposta para essas questões é avaliar a relação entre fenótipo e expressão gênica. A comparação da expressão entre indivíduos que representam valores fenotípicos extremos para a característica em estudo é uma das estratégias frequentemente utilizada. A aplicação de métodos que permitem o perfilamento de expressão gênica em larga escala, como os microarrays, nos quais a expressão de milhares de genes pode ser simultaneamente analisada, é uma estratégia que independe de pressuposições na escolha dos genes a serem analisados e gera uma infinidade de dados que podem ser analisados sob diferentes aspectos (vias metabólicas, processos fisiológicos, homologia de sequências, interações não alélicas, etc.). Esta estratégia pode ser aplicada às diversas características, permitindo elucidar questões sobre resistência a doenças, qualidade de produto, eficiência reprodutiva, utilizando essencialmente a mesma metodologia para geração e análise dos dados, entre as quais o presente projeto aborda: resistência a doenças infecciosas e parasitárias, características reprodutivas e qualidade de carne. De um modo geral, a estratégia de análise da expressão gênica era previamente utilizada em diversos projetos conduzidos pelas equipes dessa rede, porém de maneira pontual e isolada. Na rede de pesquisa conduzida neste projeto, temas semelhantes (por exemplo, resistência à parasitas) foram abordados em diferentes condições e localidades, podendo ser confrontados uns com os outros. As informações de expressão diferencial relacionadas à determinado fenótipo no âmbito da presente rede podem ser confrontadas com os estudos de associação desse mesmo fenótipo e mutações de ponto (SNPs) previstos em outro projeto da Embrapa, oferecendo uma visão global do funcionamento do genoma.