As quatro diretorias compõe, junto com a Presidência (PR), a Diretoria-Executiva da Embrapa (DE). As competências da DE são definidas na legislação federal aplicável e no Estatuto Social da Embrapa. Compete à DE:

• Tomar as decisões necessárias ao cumprimento da missão, ao alcance da visão e dos objetivos estratégicos definidos no PDE, considerando as informações e o desempenho dos processos de monitoramento e de avaliação da estratégia.
• Elaborar os orçamentos anuais e plurianuais alinhado com os objetivos estratégicos, assegurando que os recursos financeiros sejam alocados de maneira eficiente e de acordo com as diretrizes estabelecidas pelo Conselho de Administração.
• Deliberar sobre temas relacionados com o cumprimento da agenda estratégica da empresa explicitada no PDE.
• Promover a gestão da Empresa de forma equilibrada, gerenciando as perspectivas críticas da organização: pessoas, informação, processos, clientes, sustentabilidade institucional e financeira.
• Assegurar que as orientações estratégicas reflitam as necessidades do ambiente competitivo da Embrapa e as diretrizes governamentais, possibilitando a tomada de decisão nos níveis estratégico, tático e operacional.
• Garantir o alinhamento, a coesão e a integração entre as figuras de planejamento e seus respectivos desdobramentos na programação de PD&I e de Gestão Institucional.
• Monitorar sistematicamente os resultados e impactos das ações e projetos da Embrapa, promovendo os ajustes estratégicos necessários para assegurar o alinhamento com os objetivos institucionais, o cumprimento de metas estabelecidas e garantindo o acompanhamento contínuo de desempenho e eficácia.
• Elaborar a estratégia de longo prazo para os próximos cinco anos, contendo, entre outros, contextualização, objetivos, prioridades e metas da empresa estatal, bem como a análise de riscos e oportunidades atrelados à consecução da estratégia adotada, em consonância com o art. 23, § 1º, inciso II e § 2º da Lei nº 13.303, de 2016, e com as respectivas normas relacionadas à criação de cada empresa estatal, submetendo-a à aprovação do Conselho de Administração.
• Elaborar o plano de negócios para o exercício anual seguinte a partir da estratégia de longo prazo, contendo as metas a serem perseguidas, conforme disposto no inciso I do § 1º do art. 23 da Lei 13.303, de 2016.
• Elaborar o regulamento interno de licitações e contratos da empresa estatal, nos termos do art. 40 da Lei nº 13.303, de 2016.
• Aprovar a proposta de plano de contratações anual consolidada pela área de contratações.
• Efetuar, periodicamente, avaliação quantitativa e qualitativa da área de contratações, com o objetivo de identificar eventuais necessidades de reposição ou capacitação de colaboradores dedicados ao processo de contratação.
• Acompanhar periodicamente a execução do plano de contratações anual.
• Informar o Conselho de Administração, periodicamente, sobre o nível de execução do plano de contratações anual e as eventuais ocorrências capazes de impactar significativamente a realização do plano aprovado.
• Adotar as medidas de correção de eventuais falhas ou dificuldades apontadas nos relatórios de acompanhamento da execução do plano de contratações anual.
• Propor ao Conselho de Administração, de forma justificada, ao longo do exercício a que se refere, a alteração do plano de contratações anual.
• Avaliar, com o órgão de auditoria interna, a pertinência e efetividade das medidas propostas ou adotadas pelos gestores para a correção dos possíveis desvios ou irregularidades encontrados em auditorias relacionadas ao plano de contratações anual.
• Aprovar o plano de comunicação interno.