As pimentas apresentam diferentes pontos de colheita, de acordo com cada tipo, região de cultivo e época do ano. O ciclo da cultura e o período de colheita são afetados diretamente pelas condições climáticas e pelos tratos culturais, como adubação, irrigação, incidência de pragas e doenças, e a adoção de medidas de controle fitossanitário. De uma maneira geral, as primeiras colheitas são feitas a partir de 90 dias após a semeadura para as pimentas mais precoces, como a ‘Murupi’, e após 120 dias para as mais tardias. O ponto de colheita ideal das pimentas é determinado visualmente, quando os frutos atingem o tamanho máximo de crescimento e o formato típico de cada espécie, com a cor específica demandada pelo mercado: verde para a pimenta ‘Cambuci’; vermelho para a ‘Malagueta’; amarela ou vermelha para a pimenta ‘Bode’; verde-claro para a ‘De Cheiro’; amarela para a ‘Cumari do Pará’; e amarelo-claro para a ‘Murupi’.

As pimentas são mais difíceis de serem colhidas quando comparadas com pimentão devido ao menor tamanho dos frutos e a arquitetura da planta, principalmente aquelas de menor porte e com maior número de galhos. Para efetuar a colheita das pimentas com plantas de porte mais baixo, como a ‘Cumari do Pará’ e ‘Malagueta’, é necessário que os apanhadores fiquem agachados ou curvados, enquanto para aquelas pimentas com plantas mais altas, como a ‘Bode’, é possível fazer a colheita em pé, em uma posição mais confortável. A posição dos frutos das pimentas, seu tamanho e a resistência do pedúnculo também interferem na velocidade da colheita. As pimentas ‘Bode’ e ‘Dedo-de-Moça’ possuem frutos maiores e são mais fáceis de apanhar, sendo possível colher até 60 kg/dia/operário, enquanto as pimentas ‘Malagueta’ e ‘Cumari do Pará’ possuem frutos menores, o que reduz a velocidade da colheita (aproximadamente 10 kg/dia/operário).

As pimentas são colhidas manualmente, arrancando-se os frutos das plantas com ou sem os pedúnculos, dependendo do tipo de pimenta e o uso do produto. Cada colhedor utiliza um recipiente pequeno, como uma lata, prato ou bolsa para recolher os frutos das plantas. Um recipiente adequado para a colheita das pimentas pode ser feito a partir de garrafas plásticas de refrigerante de 2L do tipo ‘PET’, cortando-se o terço superior da garrafa e colocando-se um cordão em duas extremidades laterais para pendurar no pescoço. Além de ser um recipiente barato e fácil de ser feito, o operário fica com as duas mãos livres para executar a colheita, sendo possível segurar os ramos e destacar os frutos sem quebrar a planta. Depois de cheios, estes recipientes são vertidos em baldes ou latas maiores (5-10L) ou então em caixas localizadas estrategicamente próximas do local de colheita.

Quando as pimentas são destinadas especificamente para a indústria de conservas e molhos, podem ser apanhadas sem o pedúnculo diretamente no campo. Para aquelas pimentas com maior resistência do pedúnculo, como a ‘Bode’ e a ‘Dedo de Moça’, às vezes é necessária uma operação adicional no galpão de beneficiamento para retirar completamente o pedúnculo dos frutos destinados para conservas. As pimentas mais picantes (‘ardidas’), como a ‘Malagueta’, causam irritação e até queimaduras na pele das mãos dos colhedores devido aos teores mais elevados de capsaicina, o composto químico responsável pela ardência nas pimentas. Pessoas com pele muito sensível devem utilizar luvas ou outro material de proteção na colheita, embora causem desconforto pelo suor e dificultem a operação. Existem indicações de alguns produtos que podem aliviar as queimaduras e irritação causadas pela capsaicina, como álcool, água sanitária, água ou leite quentes. Aparentemente, a melhor indicação para reduzir os efeitos negativos das pimentas mais ardidas ou picantes é usar óleos vegetais (soja, canola, girassol), azeite de oliva, banha, manteiga ou margarina ou outros produtos a base de gordura, por que a capsaicina é uma substância lipossolúvel, ou seja, solúvel em óleo e outros tipos de gorduras. Este tratamento não elimina completamente o desconforto das queimaduras, mas pode reduzir parcialmente a concentração do composto das mãos. Os colhedores devem sempre se lembrar de não se coçarem ou tocar partes sensíveis do corpo, como olhos e boca, enquanto executam a colheita por conta das queimaduras e pela irritação causadas pelas pimentas, principalmente pela exposição contínua.

O horário ideal para a colheita das pimentas é nas horas menos quentes do dia, no início da manhã e no final da tarde. Quando não é possível colher tudo nestes dois períodos, deve-se armazenar os frutos colhidos sempre a sombra, em local arejado e fresco. A exposição direta ao sol aumenta a respiração e a perda de água, resultando em murcha e deterioração dos frutos. Deve-se também evitar a colheita de frutos molhados pela chuva ou orvalho porque tendem a apodrecer mais rapidamente durante o transporte e a comercialização. Restos de folhas e galhos também devem ser eliminados porque podem tendem a fermentar rapidamente, principalmente quando molhados ou úmidos, e assim aumentar a temperatura no interior das embalagens e reduzir a durabilidade pós-colheita dos frutos.

À medida que baldes, caixas e sacos com as pimentas no campo vão ficando cheios, devem ser transportados até pequenos galpões ou sob a sombra de árvores nas margens da plantação. Estes galpões podem ser construídos de modo simples, com uma cobertura de plástico preto recoberto com capim ou folhas de palmeira, servindo para proteger as pimentas do sol direto e da chuva. Posteriormente, os frutos são acondicionados em sacos plásticos grandes (30kg) ou caixas plásticas ou de madeira (15kg), ou outro tipo de embalagem demandado pelo mercado. Para as pimentas destinadas para a indústria de molhos e conservas, é possível retirar os pedúnculos dos frutos em galpões ao lado da lavoura e armazenar as pimentas diretamente em recipientes plásticos de 50L (‘bombas’ ou ‘bombonas’) com a calda apropriada, feita a base de vinagre ou outro tipo de álcool e sal. Este processo reduz problemas de conservação pós-colheita dos frutos de pimenta colhidos mantidos in natura. Esta prática constitui parte do processamento, assim para realiza-la é necessário estrutura apropriada com alvará sanitário.