As pimentas podem ser atacadas por várias doenças causadas por bactérias, fungos, nematoides e vírus. Também existem os distúrbios fisiológicos, que às vezes se confundem com as doenças, que podem ser causados por excesso ou deficiência de nutrientes, falta ou excesso de água, presença de insetos ou ácaros ou fitotoxicidez provocada por agrotóxicos. A importância que cada doença ou distúrbio atinge depende da época de plantio, das condições de solo, do tipo de irrigação, da adubação, da proximidade com outros campos e da variedade plantada, entre outros fatores.

O controle das doenças é feito por meio de um manejo adequado como equilíbrio de adubações, eliminação de restos de culturas contaminados, controle de irrigações, uso de cultivares resistentes, sementes certificadas, rotação de culturas e plantio em épocas favoráveis à cultura da pimenta.

Para prevenção e controle de algumas doenças, podem ser utilizados alguns fungicidas. É importante lembrar que eles devem ser registrados no Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento.

Para as doenças bacterianas, geralmente murchas e podridões, que são favorecidas por alta umidade e temperatura, as medidas são basicamente de prevenção, devendo-se evitar a introdução da doença por meio de materiais contaminados como sementes ou partes vegetativas de multiplicação. Plantas contaminadas devem ser destruídas por meio do arranquio e queima. Áreas contaminadas devem ser evitadas e cultivadas com adubo verde ou culturas não suscetíveis.

As doenças viróticas são caracterizadas por cloroses e mosaicos nas folhas e partes novas das plantas. Estas partes ficam enrugadas e com diversas tonalidades que variam de amarelo a verde escuro. Geralmente são doenças que, após seu aparecimento, não existe controle eficaz. Portanto, como medida preventiva, é realizado o controle de pulgões e tripes, principais insetos vetores de virus que afetam a pimenta. Em algumas situações, entretanto, os vetores adquirem e transmitem os vírus rapidamente, na “picada de prova”, por exemplo.

Neste caso, o controle químico do vetor não é eficaz. Assim, recomenda-se a eliminação imediata de plantas infectadas por meio da queima controlada ou enterrio, como também eliminação de lavouras velhas infectadas antes dos novos plantios.

Os nematoides geralmente atacam as raízes das plantas causando galhas ou “pipocas”. Para combatê-los, pode-se revirar o solo e deixá-lo exposto ao sol, ou submetê-lo a uma lâmina d’água por um período de duas semanas. Alternativa para reduzir a sua população seria a rotação de culturas com cravo-de-defunto ou adubos verdes resistentes, como por exemplo, Crotalaria juncea.