Para que as pimentas apresentem um padrão de qualidade na comercialização é necessário realizar primeiramente a eliminação dos frutos estragados e classificação em função do grau de maturação.

Ainda não existe nenhuma norma oficial de classificação e padronização para as pimentas no Brasil. Praticamente todas as operações usuais de beneficiamento são feitas a campo e executadas simultaneamente pelos colhedores. As pimentas para comercialização in natura do tipo ‘Dedo-de-Moça’ devem ser colhidas sempre com o pedúnculo porque melhora a aparência e os frutos tendem a se conservar melhor, o que não se aplica àquelas pimentas que possuem frutos que se destacam facilmente da planta, como ‘Cumari do Pará’, ‘Malagueta’ e ‘Cumari Vermelha (= ‘Passarinho’). Na medida do possível, o colhedor deve eliminar os frutos doentes, brocados, murchos, passados, desuniformes e mal-formados e selecionar na planta somente aqueles bem desenvolvidos e de coloração típica de cada tipo de pimenta. Para aquelas pimentas com frutos pequenos, deve-se tomar cuidado para não colher ramos inteiros com as folhas, evitando-se o contato com o solo para não sujar e contaminar os frutos. Depois de colhidas, pimentas de frutos pequenos, como ‘Cumari’, ‘Bode’ e ‘Malagueta’, devem ser manipuladas com cuidado para evitar danos mecânicos aos frutos, como cortes, abrasões e outros tipos de ferimentos.