Não existem informações disponíveis sobre a temperatura ideal de armazenamento para cada um dos tipos de pimenta cultivados no Brasil. As pimentas são frutos tropicais e por esta razão as temperaturas entre 7º C e 12 ºC são as mais indicadas para reduzir a respiração e outros processos fisiológicos. Os maiores problemas das pimentas destinadas ao consumo in natura são a rápida perda de água dos frutos, que resulta em murchamento, e a descoloração do pedúnculo, que perde sua coloração verde característica. Estes dois problemas reduzem o valor de mercado do produto e podem ser motivos de descarte na comercialização. O armazenamento em temperaturas inferiores a 7 ºC pode causar injúria por frio (‘chilling’) nos frutos, formando lesões deprimidas. Para evitar a perda acentuada de água, é recomendável deixar os frutos com o pedúnculo e associar a refrigeração ao uso de embalagens plásticas, que mantêm a umidade elevada. No caso de usar embalagens plásticas (sacos de polietileno, filme de PVC ou caixinha tipo PET) e comercializar as pimentas em temperatura ambiente (23-26º C), deve-se fazer alguns furos nas embalagens para evitar a condensação de água no seu interior ou sobre os frutos de pimenta. Nesta condição pode ocorrer o desenvolvimento de fungos no pedúnculo e na superfície dos frutos após 2-3 dias, e comprometer a aparência dos frutos.    

Os produtos embalados devem ter uma etiqueta ou rótulo identificador com algumas informações básicas, como tipo de pimenta, data da embalagem e prazo de validade, e nome e endereço do embalador. O prazo de validade varia de acordo com o tipo de pimenta, embalagem utilizada e principalmente temperatura, sendo 5 dias para pimenta De Cheiro e Bode em sacos plásticos perfurados mantidos a 23-25º C e até 10 dias para frutos embalados em filmes de PVC mantidos a 12-15 ºC. Em experimentos conduzidos na Embrapa Hortaliças, as pimentas ‘Malagueta’, ‘De Cheiro’, ‘Cumari do Pará’, ‘Bode Vermelha’, ‘Bode Amarela’ e ‘Dedo de Moça’ foram conservadas durante 30 dias a 8 ºC acondicionadas em bandejas de isopor envoltas por filme de PVC (>90% UR). Na Universidade Federal de Viçosa, determinou-se que a pimenta ‘Malagueta’ pode ser mantida por até 30 dias a 12º C e 90 % UR.