O laboratório de gestão de resíduos é um espaço em que podem ser tratados e armazenados os resíduos químicos gerados pelos laboratórios da Embrapa Agrobiologia. É composto por dois espaços:

Laboratório de tratamento de resíduos: É onde os resíduos químicos gerados em laboratórios são manipulados ou tratados. Possui uma infraestrutura mínima necessária, como capela de exaustão, destiladores e centrífuga.

Armazenamento de resíduos: Espaço onde são armazenados os resíduos oriundos dos laboratórios da Unidade. Todos os resíduos são armazenados em recipientes adequados e ali ficam até a retirada por empresa credenciada, que dá a eles a destinação adequada.