Na Embrapa Agrobiologia, diversas ações de pesquisa são realizadas de modo a compreender e minimizar o impacto das atividades agroindustriais sobre o ambiente, frente a uma possibilidade de mudanças climáticas e dos processos biológicos a elas relacionados. Dentro desse escopo estão estudos sobre alternativas ambientalmente sustentáveis, que considerem culturas com potencial energético, balanços de energia e a dinâmica de emissões de gases com impacto no efeito estufa. Também são desenvolvidos estudos para reduzir o uso de fertilizantes químicos e a dependência externa desses insumos, por meio da fixação biológica de nitrogênio e de outros processos integrados de promoção do crescimento vegetal.