A Embrapa Agroindústria de Alimentos originou-se da fusão de três instituições existentes no Rio de Janeiro com longa tradição de pesquisa: o Instituto de Tecnologia Alimentar, o Instituto de Tecnologia de Óleos e o Instituto de Tecnologia de Bebidas e Fermentações. Em 1971, como resultado dessa fusão, foi criado o Centro de Tecnologia Agrícola e Alimentar – CTAA, que desenvolvia suas atividades em instalações físicas divididas entre os bairros do Maracanã e Jardim Botânico. A partir de 1973, com a fundação da Embrapa, o CTAA foi incorporado a esta Instituição como uma de suas Unidades Descentralizadas.

Em 1984, o CTAA foi transferido para novas instalações físicas, construídas no bairro de Guaratiba, quando assumiu também mandato de âmbito nacional e teve seu nome mudado para Centro Nacional de Pesquisa de Tecnologia Agroindustrial de Alimentos. Ao final da década de noventa, com a implantação da Política de Comunicação da Embrapa, o CTAA passou a adotar o nome síntese de Embrapa Agroindústria de Alimentos.