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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Autoria: BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCAO, P. R. K. O modelo matemático da estrutura protéica é fundamental não só para a visualização, mas, principalmente, para o cálculo de parâmetros estruturais como área da superfície e volume. É possível usar a ge... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2007
MSSP: simultaneous comparison of the same structure descriptor for different protein structures. Autoria: MAZONI, I.; KUSER, P.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Short Abstract: The Multiple Structures - Single Parameter STING module allows a user to compare variety of structure parameters from different protein structures in a simple yet intuitive 2D pilot. T... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Predicting enzyme class from protein structural parameters and bagging predictors. Autoria: YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; BORRO, L. C.; SANTOS, E. H.; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. Short Abstract: In this work we present a new method to classify enzymes that uses the STING_DB physical-chemical parameters and Bagging predictors. By building models based on "decision tree" and "ne... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Structural parameters to filter crucial catalytic site aminoacids from fructose 1,6-bisphosphate aldolase. Autoria: BRANDÃO, M. M.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Short Abstract: In this work we demonstrate the minimum structural parameters needed to isolate the active site of the fructose 1,6-bisphosphate aldolase, using the Diamond STING suite. DSs is a web b... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
An integrated database of structural parameters for protein analysis. Autoria: OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. Short Abstract: STING_DB is a relational database composed of structural parameters for protein analysis operating with a collection of both publicly available data (PDB, HSSP, Prosite) and its own da... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Multiple Structures - Selected Parameter (MSSP) 2D Plot. Autoria: NESHICH, G. The Multiple Structures - Single Parameter 2D module allows a user to compare, in a simple yet intuitive 2D plot, any one of the 150 different sequence, structure, function and stability parameters /... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2010
Contacts as the key elements for comparing two protein structures. Autoria: MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W. Short Abstract: TopSiMap (Topological Similarity Map) is and interactive tool which is part of the Star Sting Suite (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS).As contacts pattern is very conserved in each... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Comparison of the amino acids co-evolution and the correlated structure descriptors. Autoria: MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G.; NARCISO, M. G. Short Abstract: The AA Co-evolution is a very powerful method of identifying those critical residues which are responsible for maintaining the minimum information for the specific function. By compari... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006
Caracterização e análise das estruturas secundárias das zeínas para uso em revestimentos comestíveis. Autoria: DORM, B. C.; SOARES, V. F.; BERNARDES FILHO, R.; OLIVEIRA, J. S.; COLNAGO, L. A.; FORATO, L. A. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2018
Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Autoria: OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o númer... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006

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