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Autoria: JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G.

We present here analysis of pre-calculated values for the cross-links, previously stored in the STING_RDB.

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2008

Autoria: MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G.

Protein secondary structure elements (PSSEs) such as [alfa]-helices, [beta]-strands, and turns are the primary building blocks of the tertiary protein structure. Our primary interest here is to reveal... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2018

Autoria: HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.

The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two ali... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G.

In this paper we would first like to address a full characterization of the nanoenvironment found at beta sheet locations and then compare those characteristics with the ones we already published for... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2020

Autoria: MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W.

Short Abstract: TopSiMap (Topological Similarity Map) is and interactive tool which is part of the Star Sting Suite (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS).As contacts pattern is very conserved in each... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: RIBEIRO, T. S.; SCRAMIN, J. A.; RODRIGUES, J. A. S.; BERNARDES FILHO, R.; COLNAGO, L. A.; FORATO, L. A.

Kafirins, water-insoluble proteins from Sweet Sorghum BR501 grains, have been an alternative to prepare edible coatings for food due to their hydrophobic character. In this work, the secondary structu... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2022

Autoria: NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M.

ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, d... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2006

Autoria: NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.

Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2005

Autoria: ROCCHIA, W.; NESHICH, G.

Abstract. STING and JavaProtein Dossier provide a collection of physical-chemical parameters, describing protein structure, stability, function, and interaction, considered one of the most comprehensi... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2007

Autoria: NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.

Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new... ...

Repositório: BDPA     Ano de publicação: 2005

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