A sede da Embrapa Pecuária Sudeste está localizada na cidade de São Carlos (SP), na Fazenda Canchim. A Fazenda tem a seguinte distribuição de sua área física:

Área total de 2.538 hectares, dos quais 1.491 de pastagens cultivadas e parcelas experimentais e 1.047 de áreas de preservação permanente e reservas legais.

Aproximadamente 1,4 mil animais compõem o rebanho experimental, entre bovinos de diversas raças (Canchim, Nelore, Holandês e cruzados) e ovinos.
 
A Fazenda trabalha com sistemas intensivos de produção de leite e de carne.

Laboratórios
A Embrapa Pecuária Sudeste possui 14 laboratórios que atendem aos projetos de P&D e estão vinculados à área de Pesquisa e Desenvolvimento.