Integrado por seis grandes coleções de microrganismos de diferentes Unidades da Embrapa, este projeto teve como foco a preservação do acervo da instituição, bem como seu incremento por meio de intercâmbio e coleta. O projeto previu, ainda, a adequação das coleções a um sistema de qualidade, o aumento da identificação e da caracterização do acervo e a sua documentação em bancos de dados acessíveis pela internet ou globais.
Essas coleções são importantes porque podem ser utilizadas na prospecção e avaliação do potencial biotecnológico dos microrganismos multifuncionais para muitas aplicações na agricultura e no ambiente, como promoção de aumentos de produtividade, redução da dependência de agroquímicos e recuperação ambiental. As múltiplas funções biológicas e ecológicas que eles apresentam contribuem para a nutrição e a sanidade das plantas, tendo grande aplicação na revegetação de áreas degradadas e potencial para o desenvolvimento de inoculantes como alternativa para manter ou melhorar a produção vegetal, com a redução da poluição e da degradação do solo e da água.
Alguns microrganismos multifuncionais são as bactérias diazotróficas, os fungos micorrízicos arbusculares, os microrganismos endofíticos, os solubilizadores de nutrientes, os biodegradadores e biorremediadores e os promotores do crescimento de plantas.
Integraram o projeto a Coleção de Culturas de Bactérias Diazotróficas e Outros Microrganismos Multifuncionais (CCBD) e a Coleção de Fungos Micorrrízicos Arbusculares (COFMEA), ambas da Embrapa Agrobiologia; a Coleção de Culturas de Microrganismos Multifuncionais da Embrapa Soja: Bactérias diazotróficas e promotoras do crescimento de plantas (CMSo); a Coleção de Culturas de Microrganismos Multifuncionais da Embrapa Agropecuária Oeste (CCMMAO); a Coleção de Culturas de Microrganismos Multifuncionais da Embrapa Milho e Sorgo (CCMMMS) e a Coleção de Culturas de Microrganismos de Importância Agrícola e Ambiental (CCMA), da Embrapa Meio Ambiente.