Os programas reúnem projetos inter-relacionados que são gerenciados de forma coordenada. Desse modo, são alcançados benefícios que não seriam obtidos com a gestão individual de cada um deles.

Dentro de um programa estão projetos complementares e sinérgicos, o que contribui para unificar a gestão de PD&I, aumentando os potenciais impactos e resultados em prol do setor produtivo agropecuário e da sociedade brasileira.

Os programas compõem o Sistema Embrapa de Gestão (SEG) situando-se entre os portfólios (que abarcam conjuntos de projetos que partilham temas e desafios) e os projetos (que são a unidade básica do SEG e podem ser definidos como um conjunto de esforços temporários orientados para criar e entregar produtos, processos ou resultados exclusivos).

Tipos de programas

Atualmente, cinco tipos de programas estão em execução: 

Programas de apoio a políticas públicas

Eles têm como objetivo apoiar a formulação, execução, monitoramento e avaliação de políticas públicas e marcos regulatórios relacionados ao setor agropecuário. Estão nesse grupo o Zoneamento Agrícola de Risco Climático (Zarc), PronaSolos, AgroNordeste e o Plano ABC+.

Programas de melhoramento genético

Esses programas têm como finalidade desenvolver plantas, animais ou microrganismos com características genotípicas e fenotípicas desejadas para melhorar os níveis de produção, produtividade ou qualidade do produto, em sintonia com as demandas de sistemas de produção agropecuários e de mercado. 

Programas de desenvolvimento institucional

No grupo de desenvolvimento institucional estão programas que objetivam apoiar o desenvolvimento da gestão corporativa a partir da geração de ativos organizacionais, melhorias incrementais e inovações nos processos organizacionais para maior efetividade na geração de inovações tecnológicas. 

Programas internacionais

Os programas internacionais são gerenciados de modo coordenado para contribuírem com o alcance dos objetivos e metas estratégicos da Embrapa e parceiros internacionais pela integração de competências técnico-científicas e recursos das instituições. São exemplos os programas desenvolvidos pela Embrapa em parcerias com Agropolis, Inta e BBSRC.

Programas cofinanciados

Esses são gerenciados de modo coordenado para contribuir com o alcance das metas e objetivos estratégicos da Embrapa e parceiros nacionais pela integração de competências técnico-científicas e recursos das instituições, como a Rede ILPF, InovaSocial o Projeto Integrado da Amazônia e o BRS Aqua.